Studia

1626
W wieku 14 lat Michał przechodzi ciężką chorobę. W obliczu możliwej śmierci składa postanowienie – obietnicę Świętemu Franciszkowi Ksaweremu (jezuicie i pierwszemu misjonarzowi w Azji zmarłemu w 1552 r. u wybrzeży Kantonu), że w przypadku ozdrowienia, będzie służył Bogu na Dalekim Wschodzie.

1626
Michał Boym rozpoczyna studia w kolegium jezuickim we Lwowie.

1631
Michał Boym kończy studia w kolegium jezuickim we Lwowie.

16 sierpnia 1631
Michał wstępuje do Towarzystwa Jezusowego "Jezuitów" i rozpoczyna dwuletni nowicjat w Kościołach Świętego Szczepana i Macieja (dawniej przy Placu Szczepańskim, obecnie nieistniejące) w Krakowie. Praktycznym przygotowaniem do pracy misyjnej w tym okresie było niesienie pomocy chorym w szpitalach i więźniom oraz katechizowanie dzieci.

1633
Michał rozpoczyna studia pedagogiczne w Sandomierzu, a następnie studia filozoficzne w Kaliszu.

1638
Michał Boym zaczyna studia teologiczne w Krakowie. Jest słuchaczem krakowskiego Kolegium Jezuickiego przy Kościele Świętych Apostołów Piotra i Pawła w miejscu przesiąkniętym atmosferą misyjną ze względu na współbraci, prowadzących w tym czasie działalność ewangelizacyjną na Dalekim Wschodzie: wielkiego dobrodzieja krakowskiego kolegium i misjonarza-męczennika w Japonii, Wojciecha Męcińskiego (1598–1643), czy Andrzeja Rudominy (1596–1631), który zmarł na misji w Chinach.

1640
Michał kończy studia w Kolegium Jezuickim w Krakowie. Udaje się do Jarosławia celem odbycia Trzeciej Próby Zakonnej. Trzecia Próba lub Próba Pielgrzymia albo inaczej szkoła przetrwania według św. Ignacego Loyoli to pielgrzymowanie przez cały miesiąc bez pieniędzy, czasem nawet połączone z żebraniem od drzwi do drzwi dla miłości Chrystusa, "aby się w ten sposób mogli przyzwyczaić do niewygód w jedzeniu i spaniu i do tego stopnia, żeby odrzuciwszy wszelką nadzieję, jaką mogli pokładać w pieniądzach i innych rzeczach stworzonych, złożyli ją całkowicie, z prawdziwą wiarą i żarliwą miłością w swym Stwórcy i Panu." (Konstytucje Towarzystwa Jezusowego, Egzamin Ogólny).

1641
Umiera ojciec Michała, Jerzy. Na łożu śmierci zaleca, by synowie podążali jego drogą na polu medycyny.

1641
Michał jest wyświęcony na kapłana w Krakowie po odbyciu trzeciej próby zakonnej w Jarosławiu.